На сегодняшний день Свято-Троицкому Зеленецкому мужскому монастырю принадлежат действующие храмы:
- Храм Святой Живоначальной Троицы (соборный).
- Нижний храм-крипта Троицкого собора в честь святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
- Храм Благовещения Пресвятой Богородицы с трапезной.
В монастыре есть часовни:
- Поклонная часовня в честь преп. Мартирия Зеленецкого, по преданию, расположенная на месте уединенных подвигов преподобного Мартирия. Освящена в день его памяти 14 марта 2003 года.
- Надколодезная часовня у южных врат монастыря с колодцем, ископанным преподобным Мартирием.
В нижнем храме-крипте Троицкого собора монастыря ежедневно совершаются утрени – в 7.00 и вечерни - в 18.00.
Божественные Литургии – в двунадесятые, полиелейные (согласно расписанию) праздники и воскресные дни в 10.00.
Всенощные бдения – накануне двунадесятых Праздников, престольных Праздников (дни памяти преп. Мартирия Зеленецкого, 14 марта и 24 ноября по новому стилю) и воскресных дней в 18.00.
В Благовещенской церкви Богослужения совершаются в праздники преподобного Мартирия и на Рождество Христово.
В храме Святой Живоначальной Троицы монастыря Божественные Литургии совершаются в Престольный праздник, а также в Праздник Святой Пасхи Христовой.
В нижнем храме-крипте св. ап. Иоанна Богослова находятся главные святыни обители - мощи преп. Мартирия Зеленецкого, а также честные останки митр. Новгородского Корнилия (+10 марта 1698 г.), ревностного воссоздателя и устроителя обители.
В обители преподобного Мартирия Зеленецкого: